新的电子往来港澳通行证是参照国际标准设计制作的卡式证件，不再采取贴纸的方式，而是直接打印在证件背面，可重复擦写。由于证件内采用了符合国际标准的高安全性集成电路芯片，与电子普通护照相似，可存储持证人个人资料及证件、签注签发管理信息。持证者只需经自助通道刷卡，并摁下指纹便可实现自助通关，全程约10秒钟。新的电子往来港澳通行证启用后，内存的数字化个人资料和指纹信息，不仅可以在口岸自助查验通道实现自助通关，同时16周岁以上的申请人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。　　

市民在首次提出申办新版通行证申请时，除了自身出现指纹缺失或损坏确实不能采集外，首次申请的16周岁以上申请人均须采集指纹，对16周岁以下的申请人是否采集要根据其监护人的意见确定。采集指纹用于自助通关是以申请人本人同意为前提，并需签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》（不满16周岁的由其监护人签署），如果没有留存指纹信息，将无法实现自助通关。根据电子往来港澳通行证申请受理的相关规定，内地居民在往来港澳地区的管理政策保持不变，证件申请受理渠道和审批条件、收费标准都保持不变。唯一变化的是，在办理环节中，市民除需要留存或核验指纹信息外，还需要再核准电子通行证和签注的申办渠道、程序及相关的资格、条件与现行往来港澳通行证、签注完全一致。　　

现行本式往来港澳通行证和签注在有效期内可以继续使用，持本式通行证可以继续申办贴纸式签注。按照现时办理流程，正常申办电子往来港澳通行证为10个工作日。前来办理新版通行证的市民需要带上申请人的身份证和户口本及相片等资料，以便快捷办理；同时，领取了电子通行证后，要注意妥善保管，勿弯折、重压、刮擦、水浸或放在强光、强磁场及异常温度、湿度环境中，确保证件可以正常使用。